研究所的前身為中國科學院長沙農業(yè)現代化研究所，是中國科學院專門從事亞熱帶生態(tài)環(huán)境與區(qū)域農業(yè)研究的國立研究機構,研究所系“第三世界科學院-聯合國教科文組織（TWAS-UNESCO）準會員計劃”優(yōu)秀研究中心成員。
　　研究所主要研究方向為：農業(yè)生態(tài)系統格局與過程調控、畜牧健康養(yǎng)殖與農牧系統調控技術、作物耐逆境分子生態(tài)學機理及其品種選育。包括亞熱帶區(qū)域農業(yè)生態(tài)系統格局與發(fā)展模式、農業(yè)生態(tài)系統物質循環(huán)調控，作物耐逆境的分子生態(tài)學機理、耐逆境雜種優(yōu)勢利用與品種選育、集約型養(yǎng)豬業(yè)產品健康與環(huán)境安全，亞熱帶農牧系統草食畜牧業(yè)健康養(yǎng)殖等創(chuàng)新研究內容。根據主要研究方向設置了三個研究中心，擁有院省共建的農業(yè)生態(tài)工程重點實驗室。分別在湖南桃源、廣西環(huán)江和湖南岳陽部署了3個生態(tài)試驗站，其中，桃源農業(yè)生態(tài)試驗站和環(huán)江卡斯特生態(tài)試驗站為國家級臺站，洞庭湖濕地生態(tài)試驗站為新建的所級臺站。

　　研究所為碩士研究生提供600元/月的助學金，為博士研究生提供1000元/月的助學金，并為每位在讀研究生提供200元/月的研究助理津貼（第二學年起）；對研究生還提供中國科學院獎學金（1/4的學生可擇優(yōu)享受450元/月的獎學金）；招收的研究生均為中國科學院公費。研究所導師隊伍強大，課題經費充足，科研設施完善，工作條件優(yōu)越，研究生公寓條件舒適。從2009年起，研究生招生統一在北京招生，統一由北京下達招生計劃，學生入學戶口統一落戶北京，但仍在本所集中培養(yǎng)。

　　招生專業(yè)：生態(tài)學（博士和碩士點）、動物營養(yǎng)與飼料科學（碩士點）